Tras su regreso a Nápoles, compuso una fiesta musical con Nicola Bonifacio Logroscino, que nunca subió a escena. En 1744 fue nombrado maestro de capilla del Senado de Nápoles, sucediendo así a Domenico Sarro, y en enero de 1745, con “Achille in Sciro”, debutó por primera vez en el teatro San Carlo con Giovanna Astrua y Gaetano Majorano, recibiendo numerosos elogios.

Edición discográfica de obras de Gennaro Manna

El 1 de octubre de 1755, tras la muerte de Francesco Durante, el primer profesor del Conservatorio de Santa Maria di Loreto, Manna asumió el cargo de profesor interino, junto al segundo maestro Pietro-Antonio Gallo, pero el 13 de febrero de 1756 ganó el concurso para convertirse en profesor titular. Entre 1760 y 1761 realizó sus últimas obras teatrales, la serenata “Enea en Cuma” y la ópera seria “Temístocles”. En enero de 1761 sucedió a su tío Feo en la dirección de la capilla de la Iglesia de la Santissima Annunziata, y el 9 de mayo del mismo año recibió el mismo cargo para la Catedral de Nápoles. Permaneció activo como compositor de música sacra hasta su muerte, ocurrida poco antes de cumplir 64 años de edad.

A diferencia de sus contemporáneos Niccolò Jommelli, Gaetano Latilla y Girolamo Abos, abandonó el campo de la ópera cómica para ocuparse únicamente del de la ópera seria, en el que fue muy apreciado por los compositores de su época. En su estilo compositivo hay elementos tanto del estilo gallardo como del preclasicismo.

Su hermano mayor, Giacinto Manna, fue un destacado clavecinista y el hijo de este, Gaetano Manna, un activo compositor del período Clásico. Su primo Cristoforo Manna también fue un compositor Barroco.